Quelle ironie pour un personnage qui a combattu les hérésies!
Si sa doctrine n'a pas été condamnée, ni inquiétée de son vivant, après sa mort tout change:
Latran IV condamne ses idées (mais non sa personne), parce qu'elles sont en désaccord avec celles du théologien le plus réputé de la fin du XIIe S., Pierre Lombard, qui jusqu'à la Renaissance va former les théologiens, dont S. Thomas d'Aquin. Le système de Joachim est suspect de trithéisme, hérésie qui affirme l'existence de trois essences divines distinctes et non unies au sein de la Trinité. Il est ensuite condamné de manière réitérée par Thomas d'Aquin. Malgré tout, on sait qu'il a été très lu. Même des couvents dominicains possèdent ses livres. Dante affirme de lui qu'il possédait l'esprit prophétique.
Il faut aussi noter que le Moyen Âge a attribué à Joachim de Flore un certain nombre de livres qu'il n'a jamais écrits, et qui ont été rédigés en fait bien après sa mort, vers les années 1240 : c'est le cas d'un Commentaire sur Jérémie (1243–1248) et d'un Commentaire sur Isaïe (1260 ou 1265), publiés en plein drame avec les spirituels franciscains, et qui sont très critiques envers l'Église catholique.
Alors question filiation il y a:
Les Guillelmites de Milan
Guillelma, originaire de Bohême et installée à Milan, fonde sa secte vers 1260. Elle meurt en 1282 en odeur de sainteté, et est enterrée en grande pompe dans le monastère cistercien de Milan, où elle fait des miracles. Ses adeptes croient qu'elle a été conçue comme le Christ, par l'opération du Saint-Esprit. Elle a ouvert le troisième âge où le Christ est en quelque sorte dépassé, et fait place à une nouvelle incarnation, cette fois dans une femme.
Elle est censée ressusciter en 1300 — année où l'Inquisition brûle les responsables de la secte —, connaître son ascension et désigner la papesse (Manfreda, cousine de Matteo Visconti, vicaire impérial à Milan) et les cardinaux femmes de sa nouvelle Église. Boniface VIII et ses cardinaux sont en effet considérés comme des usurpateurs. La secte possède aussi de nouveaux évangiles, les autres étant dépassés. Elle convertira enfin les musulmans et les juifs — ce que l'Église a toujours été incapable de faire, et apportera le salut aux femmes.
Là j'adhère forcément....

Et un autre mouvement:
Segarelli, les apostoliques et les dolciniens
En 1300 est également brûlé par l'Inquisition Gérard Segarelli (cf. Le nom de la rose d'Umberto Eco). En 1260, il avait fondé une secte qui voulait vivre la vie apostolique et reprochait au Pape d'être l'Antéchrist. Les franciscains lui sont très hostiles, et racontent à son sujet qu'il se serait fait langer et allaiter, comme un bébé, pour ressembler à l'enfant Jésus. Ils prétendent aussi qu'il se serait fait circoncire. Il aurait été très peu instruit, disant penitenzagite au lieu de penitentiam agite (« faites pénitence »).
Quoiqu'il en soit, il draine beaucoup plus d'offrandes que les ordres mendiants. À sa mort, Fra Dolcino de Novare, beaucoup plus cultivé, prend sa suite. Plein de fougue, ce fils de prêtre dénonce la corruption de l'Église par la richesse et la collusion avec le pouvoir politique et ce, depuis l'empereur Constantin et le pape Sylvestre au début du IVe s. Il attaque également les mendiants et annonce une apocalypse imminente. L'empereur Frédéric Barberousse († 1190) est censé revenir, réincarné dans Frédéric III d'Aragon, « roi de Trinacrie » (Sicile), fils de Pierre d'Aragon. Protecteur des ordres mendiants, Frédéric est en guerre avec la papauté, qui le considère comme le nouvel Antéchrist. Il est censé détrôner l'usurpateur Boniface VIII, qui a chassé Célestin V, l'ami des franciscains spirituels. De fait, Boniface VIII meurt en 1303, peu après l'attentat d'Anagni, et Benoît XI, élu après lui, meurt en 1304 (le bruit court qu'il a été empoisonné).
Clément V lance la croisade contre les partisans de Dolcino. Ceux-ci sont plusieurs milliers, réfugiés dans les montagnes au-dessus de Verceil, dans le Piémont. Ils sont finalement massacrés. Dolcino et sa femme sont pris vivant. Sa femme refuse sa propre grâce, elle sera mise à mort lentement sous les yeux de son mari, lui-même mourra sous la torture en 1307, l'année même où les Templiers de France sont arrêtés. C'est désormais un lien organique qui s'est tissé entre les spirituels franciscains et la pensée de Joachim de Flore.
On s'est demandé, sans pouvoir le prouver, si S. François d'Assise avait connu les idées de Joachim de Flore. En effet, il fonde son ordre peu après la mort du moine, dont les œuvres sont très appréciées et recopiées en Italie. Si S. François, lui, a été accepté par l'Église, en revanche, il est certain que l'esprit joachimite a engendre de nouveaux courants de pensée dissidents.
http://www.eleves.ens.fr/home/mlnguyen/hist/med/joachim.html